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母乳性黄疸的病因迄今尚未完全清楚。近来多认为与新生儿胆红素代谢的母乳性黄疸肠肝循环增加有关。
一般认为，新生儿小肠内的葡萄糖醛酸苷酶，含量多(经过检测确认)，活性高。这种主要来源于母乳的酶，可催化结合胆红素变成未结合胆红素，此过程在新生儿小肠内进行，加上小儿肠蠕动相对慢，使大量应排泄的胆红素被这种酶解离成未结合胆红素，吸收增加，即出现母乳性黄疸。
由于母乳本身造成，推测主要原因有：
1、母乳中含有孕3α-20β二醇母乳性黄疸患儿母亲母乳中含有孕3α-20β二醇抑制了肝脏葡萄糖醛酸转移酶的活性。
2、母乳中不饱和脂肪酸含量高母乳性黄疸患儿母亲母乳中不饱和游离脂肪酸的含量增高，对肝脏葡萄糖醛酸转移酶产生抑制。
3、母乳中β-葡萄糖醛酸苷酶的活性高母乳中β-葡萄糖醛酸苷酶的活性大大高于牛奶及配方奶，使已结合的胆红素再分解，小肠重吸收增加，至肠-肝循环增加。β-葡萄糖醛酸苷酶在其中起主要作用。
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