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辣椒中有一种叫辣椒素的生物碱化合物，辣椒素分子会贴紧人或动物的黏膜组织的细胞，引起神经细胞释放一种叫P物质的神经缩氨酸。 P物质发送给大脑疼痛信息，即组织经受伤害的警告，这种警告和真正被灼烧时的信息一模一样。
和辣椒相似，许多植物会进化出有毒或有异味的化学物质，用以驱赶种子破坏者，但这些化学物质通常普遍存在于植物的根部、叶子和果实内。但辣椒素却只存在于果实中，通过靠近茎部的一个特殊腺体分泌，随着果实的成熟，辣椒素分泌得越多。科学家认为，辣椒是植物进化中的一个特异，因为辣椒素还有延缓鸟类消化速度的奇特效果。缓慢的消化过程可以让种子皮软化，帮助种子发芽。
研究证实，辣味的出现是为了对付更小的敌人，真菌腐蚀是比啮齿动物更常见的威胁。超过90%的野生辣椒果实有被真菌感染的迹象。真菌腐蚀是种子未能繁育后代就不幸夭折的主要原因。
“辣椒素展示了进化之美”，专家说：“能让哺乳动物不喜欢它们，对辣椒来说是好事一桩。辣椒种子是由鸟类传播的，那么鸟儿不怕辣吗?用辣椒喂鸟，鸟儿们似乎觉得口感不错，并没有‘疼痛反应’。因为鸟儿不去咀嚼，它们直接咽下辣椒籽儿。自然选择对物种提出了矛盾冲突的要求，结果进化出一种真正奇妙的解决方法。辣椒的御敌之道就是这样一个经典例子。 ”
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