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(一)发病原因
新生儿肝炎起病于满月之内，故感染可能发生于胎内，
很多病例的病因未明，但多数病例由病毒引起。
常见的病原有：肝炎病毒(包括HAV、HBV、HCV、HDV、HEV)、巨细胞包涵体病毒(CMV)、ECHO病毒、疱疹病毒、柯萨奇病毒、风疹病毒、腺病毒和EB病毒，以及B组链球菌、李斯特菌、金葡菌、大肠埃希杆菌等细菌、梅毒螺旋体、结核杆菌及鼠弓形虫等各类病原体感染等。
主要病理改变：
非特异性的多核巨细胞形成。胆汁淤积、肝间质和门脉区有炎症细胞浸润，轻者肝小叶结构正常，重者可紊乱失常，肝细胞点状或片状坏死，柯氏细胞和小胆管增生，久病者门脉周围可有纤维化。
巨细胞包涵体病的受累细胞呈现猫头鹰眼状的核内包涵体。
(二)发病机制
1.感染性肝炎
多指胎内感染的肝炎。
围生期感染的意义特别重要，特别是TORCH感染(TORCH infections)。
即T∶toxoplasma，弓形虫;R∶rubella virus，风疹病毒;C∶cytomegalic virus，CMV，巨细胞病毒;H∶herpes simplex virus，HSV，单纯疱疹病毒;O∶other，其他感染。
其中巨细胞病毒CMV在本综合征的病原中占首位，并可能发展为胆管闭锁，与胆总管囊肿有密切关系。
2.先天性胆管闭锁或胆汁淤积
各种原因引起的胆汁淤积，主要有溶血后胆汁黏稠症等。
3.先天性遗传代谢性疾病所致的肝脏损害
病因基础：糖(主要是半乳糖和果糖)、氨基酸和胆红素的代谢异常均可是本综合征的。
其中α1抗胰蛋白酶(α1-AT)缺陷是引起婴幼儿原发性慢性肝内胆汁淤滞的重要原因。
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